Đau buồn do bị mất quê nhà, nhóm Genesect đã tấn công thành phố New Talk. Thật trùng hợp, nhóm Satoshi cũng đến thành phố để ghé tham quan công viên Pokemon Hills. Khi Genesect bắt đầu nổi loạn trong thành phố, Satoshi bất ngờ được bảo vệ bởi Pokemon quen thuộc — Mewtwo. Mặc dù tỏ ra thông cảm trước hoàn cảnh của Genesect, Mewtwo vẫn thuyết phục chúng rời khỏi thành phố New Talk và tìm nơi khác, nơi Pokemon nhân tạo thuộc về, đã dẫn đến cuộc xung đột với Genesect màu đỏ dữ dội. Liệu Mewtwo có thể vượt qua Genesect để giải cứu thành phố New Talk hay là thành phố sẽ bị phá hủy và biến thành hang ổ của chúng.
